El elenco Villero tuvo una temporada irregular en la Primera C pero con un gran nivel en el Reducido logró el objetivo con el que partió la temporada. Perdió en la vuelta de la final por 1 a 0 pero con la victoria por 3-2 en la ida la definición se fue a penales donde pudo imponerse por 4 a 3 para regresar a una categoría que le sienta bien.
Sin embargo la coronación se vio complicada al principio por un arbitraje de muy bajo nivel del árbitro Cristián Benítez y sus jueces de línea. A los dos minutos del primer tiempo el defensor de Excursionistas Lucas Reynoso le aplicó un golpe descalificador sin pelota al atacante de San Carlos, Alejandro Lugones, pero el juez no sancionó ni la falta ni al jugador del conjunto local pese a que en la foto de portada se puede ver claramente la posición del línea y si visual: la falta no se cobró porque la terna no quiso.
Pese a la escandalosa situación, que se ha repetido con varios arbitrajes dentro del ascenso, los dirigidos por Jorge Vivaldo no perdieron la calma y definieron el tercer ascenso a la B Metropolitana desde el punto de penal.
San Carlos logró su primer ascenso a la Primera B el 18 de mayo de 2009, en una jornada histórica ya que lo hizo frente a su clásico rival: Defensores de Cambaceres en cancha de Gimnasia. El otro hito en la historia de San Carlos se dio el 25 de mayo de 2013 cuando ascendió a la Primera B Nacional de la mano de Ricardo Rezza. En aquel torneo pudo conseguir un empate de visitante, ni más ni menos que frente a Independiente.
