El 3 de enero de 2019 se acordó la vuelta de Franco Mussis a Gimnasia entre la Comisión Directiva y su representante Hernán Berman por 18 meses Tan solo unos días después convertiría lo que fue su único gol, en el amistoso de verano en Mar Del Plata ante Racing, que terminó con triunfo por 2 a 0.
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Si bien en este último ciclo con Diego Maradona comenzó formando parte del equipo titular, con el tiempo fue siendo relegado en la consideración del cuerpo técnico, de tal modo que varios cotejos directamente no estuvo ni entre los concentrados.
El martes 30 de junio, Franco quedará con el pase en su poder y su camino seguirá por otro lado. El volante decidió no aceptar la oferta de renovación y ya le comunicó a la dirigencia que escuchará propuestas porque su deseo es poder jugar, algo que en este último tiempo pasó poco.
En su segundo ciclo en el Lobo, Mussis participó en 24 partidos oficiales donde no convirtió goles y fue dirigido por Pedro Troglio, Darío Ortiz y Maradona. Su último partido con la casaca del Tripero fue en el empate 0 a 0 ante Banfield por la Copa Superliga, donde ingresó en tiempo de descuento.
